Basicamente o mlouro explicou a razão. Existe uma questão adicional, o algoritmo utilizado pelo programa. Imagina que tens as seguintes altitudes:
100, 101, 99, 110
O programa 1 faz o seguinte se as diferenças entre dois pontos é menor que 3 deita fora porque é erro de medida => acumulado positivo=10 (110-100); acumulado negativo=0
O programa 2 faz o seguinte, qualquer que seja a diferença entre dois pontos calcula = acumulado positivo=12 (101-100)+(110-99); Acumulado negativo=2
Acumulado IMO não serve para grande coisa depois do percurso ser feito. Eu uso o batimento cardíaco como medida da dificuldade do percurso, mais propriamente uma medida chamada trimp que dá uma medida do esforço que fiz. Imagina 1000 m de acumulado, em terrenos com pedra solta já custa mas se for em alcatrão não custa tanto.
Para analisar o percurso antes de o fazer uso o IBP
http://www.ibpindex.com/index.asp