Não conheço a zona em questão, mas já agora aproveito para dar a minha opinião.
O mais provável será os dois estarem errados, uma vez que a as formas de cálculo da altimetria dessas aplicações é feita com base na determinação da altitude a que se encontra cada ponto registado pelo aparelho. A imprecisão reside no facto de, frequentemente, estes dispositivos não terem um receptor GPSr com uma precisão elevada, o que faz com que os pontos recolhidos durante o nosso passeio fiquem por vezes colocados fora do local onde realmente passámos. Isto é, vamos numa estrada localizada numa vertente e, por qualquer razã,o (coberto vegetal, por exemplo) o gpsr grava o ponto uma dúzia de metros abaixo da vertente, no ponto seguinte já o regista no local certo, ou seja, na estrada. Isto significa que, quando descarregas o ficheiro do aparelho para a aplicação, ela vai calcular o desnível entre cada ponto com base na informação que cada carta disponibiliza e vai assumir que desceste meia dúzia de metros na vertente e subiste outra meia dúzia, sem que na realidade o tenhas feito. Se multiplicarmos isto pelo número de vezes que se deram mais imprecisões no registo, já dá para obter um erro significativo.
O mais provável é o valor correto andar algures ai pelo meio dos 2 resultados obtidos. Como no meu caso uso GPSr com sensor barométrico, consigo ter mais alguma precisão nesse parâmetro. A experiência diz-me que, por exemplo, no strava, quando consulto dados de voltas de amigos que também usam o gpsr do telemóvel, a maior ou menor veracidade dos dados apresentados depende da zona onde se anda, sendo que em alguns lugares o strava dá valores mais correctos que noutros.