A digestão da lactose é feita por enzima específica, a lactase. Com a desabituação, a lactase deixa de ser produzida pelo organismo.
Claro que se nunca houver essa desabituação, a digestão do leite será mais fácil pois a enzima estará presente. No entanto, e como disse, mesmo quem tem níveis de tolerância mais elevados, deveria deixar o leite de parte como pequeno-almoço de uma manhã de treino, na minha opinião.