Penso que a maior questão será o comprimento que esse guiador terá para se usar numa 29 já que por norma os guiadores 25.4 são estreitos. No passado chegava a vir com 52cm. Do que vejo essas bicicletas vêm com guiadores "monstros" de mais de 70cm e isso acontece por várias razões.
A roda 29 é bastante grande e tem mais inércia que a tradicional roda 26 criando mais resistência na direcção. Um guiador maior cria uma alavanca maior aligeirando o trabalho.
Além disso, os avanços curtos que se usam hoje em dia criam uma direcção mais directa e um guiador curto pode tornar a frente mais brusca instável. O guiador largo tráz estabilidade à frente da bicicleta..
Por fim, a maior abertura de braços num guiador largo permite descomprimir a caixa torácica o que aumenta a resistência/rendimento do Bttista.
Se o teu guiador for comprido, não vejo desvantagens de maior em o usares numa 29. Se for estreito, o que disse acima já se pode aplicar em maior ou menor medida.
De resto, se o guiador já tiver uns anos e muito uso pode ainda colocar-se outra questão que é a resistência, em particular se foi sujeito a uso mais puxado. No passado dizia-se que os guiadores deviam de ser substituídos a cada dois anos pois o alumínio sofre de fadiga e pode sofrer uma falha catastrófica. Ainda mais se sofreram quedas violentas. O carbono penso que é igual. Com as novas ligas não sei se isso se continua a aplicar, mas para quem é mais cauteloso pode ser um ponto a considerar.